Genel kızgınlık dinip isyancılar hareketlerinden vazgeçince Medine halkı Müslümanların başsız kaldığını ve halk için bir halifenin seçilmesi gerektiğini gördüler. Peygamber’in (s.a.a) yakın dostlarından ve ilk Müslümanlardan olan, Talha ve Zübeyr gibi birkaç kişi liderlik arzusunu taşıyorlardı. Fakat olayların kontrolünü ellerinde tutan isyancılar bunların liderliğine razı değillerdi. Çoğunluğun görüşü ve Medine halkının (Muhacir ve Ensar’dan) çoğunun görüşü, Ali’nin (a.s) halife olmasından yanaydı. Bazı tarihçiler; “Aynı gün Ali’nin halife olması istenmiş ve O’na biat edilmiştir.” derken diğer bazı tarihçilerde; “Gidip gelmeler ve kulisler iki-üç gün sürmüş” demektedirler. Her halükârda halk, Ali’nin (a.s) hilafeti üzerine biat etti. Böylece Ali, Müslümanların imamı tayin edildi. Fakat O’nun halifeliğinin ilk gününden itibaren uzlaşmacı bir kişiliği olmadığı, kesin olarak belirginleşmişti. O İslam’ı, Peygamber (s.a.a) dönemindeki sadeliğine ulaştırmak istiyordu. Ve bu da Hicaz’daki servet sahiplerinin asla istemediği bir şeydi.
